Генетический полиморфизм. Геномика персонализированной медицины

Обновлено: 17.05.2024

Революционные достижения генетики человека, связанные с расшифровкой его генома, определяют переход современной медицины на молекулярный (геномный) уровень, способствуя тому, что проблемы классической медицины: диагностика, профилактика и лечение решаются на уровне нуклеиновых кислот и продуктов их экспрессии – РНК и белков. Диагностика моногенных заболеваний (заболеваний, обусловленных мутациями отдельного гена, проявление таких заболеваний не зависит от внешних факторов, но болезнь может развиться как в течение первых дней жизни, так и через несколько лет) помогает установить точный диагноз/носительство, позволяя оценить риски передачи наследственных заболеваний от родителей к ребенку. В то время как профилактическим направлением молекулярной медицины стала предиктивная (предсказательная) медицина, основной особенностью которой является индивидуальный подход к каждому пациенту, поскольку геном каждого человека индивидуален, а также профилактическая направленность, которая позволяет выявить заболевание, заложенное в генах, задолго до его проявления, позволяя предупредить болезнь. Данное направление применяется к мультифакториальным заболеваниям – то есть к таким, которые возникают при неблагоприятном сочетании генетических факторов (генетической предрасположенности) и неблагоприятного влияния внешней среды - вредных привычек, образа жизни, профессиональной деятельности и т.д. Полученные знания о геноме помогут человеку оставаться молодым, здоровым и сохранять хорошую физическую форму долгие годы. Методологическую основу предиктивной медицины составляют представления о генетическом полиморфизме, генах «предрасположенности».

В человеческом организме около 30 тыс. генов. Гены в строго определенной последовательности расположены в хромосомах — гораздо более крупных образованиях, имеющихся в ядре каждой клетки (Рис. 1) и видимых под микроскопом. Хромосомный набор человека состоит из 46 хромосом (23 пары, в каждой паре одна получена от отца, другая — от матери). Одна из хромосомных пар определяет пол (эти хромосомы и называют половыми): у женщин имеется две хромосомы "Х", у мужчин — "Х" и "Y".

По числу хромосом и генов, по местоположению генов в хромосомах люди одинаковы (если речь не идет о хромосомных болезнях), но различные варианты одних и тех же генов и их сочетаний чрезвычайно разнообразны, отсюда генетическое разнообразие людей — от индивидуального до расового.

Уже сегодня расшифрованы все гены человека, и часть из них ученые научились использовать для «превентивной диагностики». Чтобы понимать, для чего необходима превентивная (то есть упреждающая) диагностика, надо понимать, что большинство болезней развиваются на почве «наследственной предрасположенности». Существуют некоторые заболевания, развитие которых на 100% предопределено наследственностью – они называются моногенными (то есть обусловленными одним единственным геном) и их не так уж много. В качестве примера можно привести гемофилию, фенилкетонурию, муковисцидоз. Большинство же болезней передаются по наследству в виде предрасположенности – то есть определенных особенностей обмена веществ, строения тела, силы иммунного ответа. Эти заболевания называются полигенными или мультифакториальными (то есть на их развитие влияют сразу несколько генов). К ним относятся большинство злокачественных опухолей, сахарный диабет 2 типа, системный атеросклероз и его осложнения – инфаркты, инсульты, гангрены; сердечная недостаточность; тромбозы и тромбоэмболии; остеопороз и связанные с ним переломы, и многие другие заболевания. Эти заболевания проявляются только при воздействии определенных условий внешней среды, поведения человека, набора привычек. То есть болезнь не передается по наследству со 100-процентной неотвратимостью, и при грамотном подходе ее развитие можно предотвратить.

Но для того, чтобы понимать, какие индивидуальные превентивные (то есть предупреждающие развитие болезни) программы помогут именно Вам, необходимо исследовать индивидуальные генетические особенности. Эти особенности можно исследовать при помощи методов предиктивной медицины, которые позволяют анализировать самые незначительные, так называемые полиморфные изменения, тот самый важнейший механизм, объясняющий нашу генетическую непохожесть. Таким образом, персонализированные исследования методами предиктивной медицины (поиск генетических полиморфизмов) могут выявить, почему каждый из нас по-своему переносит болезни, реагирует на стресс, лекарства, продукты питания. В настоящее время это самый мощный инструмент, который позволяет предупредить болезнь.

Генетический полиморфизм

Предиктивную медицину уместно рассматривать как первый и наиболее ранний этап активного воздействия человека на свой организм с целью своевременной коррекции потенциально возможной патологии или патологического процесса. Концептуальную основу предиктивной медицины составляют представления о генетическом полиморфизме.

ДНК выявляется более чем у 1 % людей в популяции и не приводит к развитию заболевания, это называется полиморфизмом, если же менее 1 % или с высокой вероятностью приводит к болезни — мутацией.

Рисунок 2. Пример генетического полиморфизма.

Полиморфными принято называть гены, которые представлены в популяции несколькими разновидностями - аллелями, что обусловливает разнообразие признаков внутри вида. Большинство известных полиморфизмов выражаются либо в заменах одного нуклеотида, либо в изменении числа повторяющихся фрагментов ДНК. Генетические полиморфизмы могут быть полезными, нейтральными, однако значительно чаще они приводят к появлению белковых продуктов с несколько измененными физико-химическими свойствами и параметрами функциональной активности. При этом функциональный спектр таких белков может сильно меняться от практически нейтрального эффекта генетического полиморфизма до полного нарушения функции соответствующего белкового продукта. Следует заметить, что отличие между полиморфизмом и мутацией довольно условно: когда один из вариантов нуклеотидных последовательностей участка ДНК выявляется более чем у 1 % людей в популяции и не приводит к развитию заболевания, это называется полиморфизмом, если же менее 1 % или с высокой вероятностью приводит к болезни — мутацией.

Масштабы полиморфизма ДНК таковы, что между последовательностями ДНК двух людей, если только они не однояйцевые близнецы, существуют миллионы различий.

Пренатальная диагностика моногенных заболеваний

Хотя лишь немногие болезни полностью обусловлены мутацией одного гена, концепция моногенных болезней по-прежнему важна. Для таких болезней обычно характерен один из трех типов наследования: аутосомно-доминантный, аутосомно-рецессивный или Х-сцепленный. Общая распространенность моногенных болезней составляет 10 на 1000 новорожденных. Одна и та же моногенная болезнь может быть обусловлена разными мутациями в одном гене. Например, в гене муковисцидоза описано свыше 1700 вызывающих болезнь мутаций.

Генодиагностика применяется для выбора лечения и медико-генетического консультирования при многих моногенных болезнях, таких как нейрофиброматоз, синдром Марфана, семейная гиперхолестеринемия, поликистоз почек, муковисцидоз, гемоглобинопатии и других. При этих заболеваниях генодиагностика позволяет поставить или подтвердить диагноз даже в отсутствие симптомов, выявить заболевание у родственников больного, иногда предсказать тяжесть заболевания. На основе результатов генодиагностики проводят медико-генетическое консультирование.

Существует несколько типов генетического тестирования:

Диагностическое тестирование - помогает поставить или подтвердить диагноз у человека с симптомами.
Прогностическое тестирование - относится к бессимптомному тестированию, когда члену семьи был поставлен диагноз и существует необходимость выявления мутации в семье.
Тестирование на носительство - используется для рецессивных или Х-сцепленных заболеваний, когда есть случаи заболевания в семейном анамнезе или высокий уровень заболеваемости в популяции, помогает оценить риск определенных заболеваний у будущего потомства и спланировать рождение здорового потомства.
Пренатальное тестирование - тестирование плода, о котором известно, что он подвержен высокому риску.
Преимплантационное тестирование - тестирование эмбрионов на очень ранних сроках, полученных в результате экстракорпорального оплодотворения, альтернатива пренатальному тестированию и прерыванию беременности.
Скрининг новорожденных - тестирование заболеваний у новорожденных.

Превентивное генетическое тестирование мультифакториальных заболеваний

В отличие от моногенных заболеваний, мультифакториальные заболевания обусловлены взаимодействием большого числа генов и внешних факторов. При мультифакториальных заболеваниях наследуются не сами заболевания, а только предрасположенность к ним, и только при сочетании полиморфных генов с неблагоприятными внешними факторами (лекарства, продукты питания, вредные привычки, загрязнения окружающей среды) возможно проявление заболевания. Такие гены, аллельные варианты которых при наличии определенных условий предрасполагают к определенным заболеваниям, и получили название генов предрасположенности. Сочетания аллельных вариантов различных генов, вовлеченных в развитие каждой конкретной патологии, получили название «генных сетей». Идентификация всех генов человека, открытие новых генных сетей неизмеримо увеличивают возможности генетического тестирования наследственной предрасположенности и значение медико-генетического консультирования.

Генетическое тестирование наследственной предрасположенности уже достаточно широко практикуется во многих частных лабораториях и диагностических центрах мира.

В лабораториях проведены исследования ассоциации множества генов-кандидатов с рядом болезней, таких как ишемическая болезнь сердца, сахарный диабет, гипертоническая болезнь, различные виды опухолей и некоторые другие. Генетическое тестирование в досимптоматический период дает возможность выявить существующие пока только в геноме наследственные тенденции к развитию будущих болезней и, исходя из современного врачебного опыта, наметить пути их ранней профилактики. Внедрение результатов этих исследований в клиническую практику позволит получить пациенту информацию о возможном риске развития у него указанных заболеваний, а врач, принимая во внимание результаты молекулярно-генетического анализа, - разработать тактику упреждающей терапии предполагаемого заболевания, что позволит снизить заболеваемость, инвалидность и смертность населения. По данным английских ученых, ослабление неблагоприятного эффекта функционально неполноценных аллелей генов предрасположенности с помощью диеты, коррекции образа жизни, лекарственных и пищевых добавок позволяет человеку “выиграть” 14 лет активной полноценной жизни. По данным Института Медицины США, превентивное генетическое тестирование в США помогает предотвратить возникновение более 2 млн побочных реакций на медикаменты, 3 млн врачебных ошибок, 2.2 млн хирургических вмешательств, 200 тысяч сердечных приступов и 100 тысяч летальных исходов в год.

Приведенные выше факты свидетельствуют о большом медицинском и социальном значении тестирования аллелей "генов предрасположенности" и генов наследственных заболеваний. При достаточно высоком уровне медицинского обслуживания выявление лиц с наследственной предрасположенностью к той или иной патологии чрезвычайно важно для профилактики, лечения и прогноза течения заболеваний.

Среди них наиболее известных генов предрасположенности – гены предрасположенности к раку легких (CYP1A1, GSTP1, GSTM1, GSTT1), ишемической болезни сердца (NOS3), нарушению метаболизма фолиевой кислоты (MTHFR), инфаркту миокарда, гипертонии (АСЕ, AGT), болезни Альцгеймера (АPOЕ), тромбозу (F2, F5), воспалению (IL6, IL10), неприживаемости зубных имплантов (TNF, IL1A), мужского бесплодия (AZF, CFTR, SRY), гестоза (F5, FGB, APOE, MTHFR), истощения яичников (INHA, FSHR, ESR1) и др. Установлено, что у курильщков с мутациями в генах GSTM1 и GSTT1 риск заболеть раком легких примерно в 3 раза выше по сравнению с курильщиками без этих мутаций. Еще выше (почти в 20 раз) риск рака молочной железы у курящих женщин с мутациями в генах GSTM1 и NAT2. Тестирование генов метаболизма лекарств позволяет не только идентифицировать индивидуумов с "быстрым" и "медленным" типами метаболизма лекарственных препаратов, но и определять индивидуальную чувствительность к ним. Более того, именно таким образом можно подобрать индивидуальную дозировку различных лекарств и таким путем приблизиться к идеальной схеме индивидуального лечения, то есть к решению основной задачи фармакогенетики.

Гены человека остаются неизменными в течение всей жизни. Достаточно однократного проведения диагностики, чтобы стало ясно, какие основные заболевания нашего времени угрожают вам, а какие нет. Генетическое тестирование в любом возрасте, задолго до начала самого заболевания, позволяет не только выявить уникальные особенности генотипа каждого человека, его генетическую индивидуальность, но и заранее начать профилактические мероприятия, предупреждающие развитие болезни. Своевременная коррекция питания, профориентации и пр. позволили бы избежать многих катастроф, способствовали профилактике многих недугов, обеспечили творческое долголетие.

Врач-генетик МЦ "ИГР" Надежда Казачкова.

Список использованной литературы

НАЛПТМ

Официально признанного определения персонализированной медицины (ПМ) не существует. Термин "персонализированная медицина" был использован в качестве названия монографии Кевала Джейна в 1998 году и начал упоминаться в MEDLINE в 1999 году, но большая часть литературы, относящаяся к ПМ часто определяет ее как фармакогеномику и фармакогенетику. Различные термины, которые используются для описания концепции ПМ: ориентированная, подобранная, основанная на генотипе, индивидуализированная или основанная на индивидуальном подходе терапия; информационно обоснованная, системная, геномная (genomic medicine), предсказательная (predictive medicine) или медицина под заказчика (tailored medicine), препараты генетического действия (фармакогеномика, фармакогенетика, фармакопротеомика), комплексное здравоохранение. Термин комплексное здравоохранение обозначает объединение диагностики, скрининга, профилактики, лечения и мониторинга, как будущее направление в медицине, но он уже используется для альянса классической и альтернативной медицины. Термин "геномной медицины" подразумевает, что секвенирование генома человека позволяет медицинской практике, вступить в эру, в которой геном пациента поможет определить оптимальный подход к оказанию помощи, будь то профилактической, диагностической или терапевтической. Однако геномная медицина не является адекватным синонимом для ПМ, так как помимо геномики, протеомные технологии и метаболомика способствуют развитию ПМ.

ПМ также отражается в индивидуальной терапии, это означает назначение конкретных процедур и методов лечения лучше всего подходящих для индивидуального учета генетических и эпигенетических факторов, которые влияют на терапию. ПМ является наилучшим способом внедрения новых биотехнологий в медицину для улучшения понимания патогенетического механизма заболеваний и лечения больных. ПМ стала реальностью после определения последовательности генома человека и персонализированных геномов, прогрессом в области медицинской генетики, а также ряда технологий, в том числе медицинской диагностики, однонуклеотидного полиморфизма (ОНП) генотипирования и протеомики.

Таким образом, персонализированная медицина (personalized medicine) представляет собой интегральную медицину, которая включает в себя разработку персонализированных средств лечения, тестирование на предрасположенности к болезням, профилактику, объединение диагностики с лечением и мониторингом лечения.

Начался период параллельного одновременного исследования множества генов и продуктов их экспрессии в различных условиях, к созданию профилей экспрессии генов и сетей взаимодействий между генами и факторами их регуляции. Началась эпоха интегральных исследований геномов, и кодируемых ими продуктов, которые образовали специфический раздел молекулярной генетики, включающий геномику и, в том числе, функциональную геномику. Геномика сегодня занимается анализом структуры и функций геномов, как интегрального функционального массива генов, их регуляторных элементов и других последовательностей, необходимых для функционирования генома. Функциональная геномика порождает множество других "омик": протеомику, пептидомику, метаболомику, каждая из которых интегрально исследует один из аспектов деятельности живых систем и, в конечном счете, нацелена на расшифровку механизмов жизнедеятельности на уровне организмов, прежде всего на первом уровне – клеток. Важным фактором дальнейшего развития является появление системной биологии, способной оперировать с чрезвычайной сложностью живых систем.

Роль молекулярной диагностики в ПМ охватывает следующие аспекты: ранняя диагностика и выбор безопасного и эффективного лечения на основе молекулярных методов; усиление интеграции молекулярной диагностики с терапией; мониторинг терапии, а также прогноз течения заболевания на основе определения биомаркеров (на уровне генома, транскриптома, протеома, метаболома и интерактомов). Классификация молекулярных диагностических технологий, имеющих отношение к ПМ представлена ниже, многие из них сочетают в себе несколько технологий (амплификацию, гибридизацию, рестрикционный анализ и др.). Три важнейших технологий, имеют отношение к ПМ: генотипирование однонуклеотидных полиморфизмов – ОНП (SNP), микрочипы/биочипы и секвенирование.

Выделяют несколько групп лабораторных методов ПМ:

1. Методы основанные на амплификации нуклеиновых кислот (полимеразная цепная реакция – ПЦР, ПЦР с детекцией в режиме реального времени, мультиплексная ПЦР и другие модификации для поиска ОНП).

2. Методы основанные на ферментативных подходах (полиморфизм длин рестрикционных фрагментов-ПДРФ или амплифицированных фрагментов – AFLR и др.).

3. Методы основанные на различной электрофоретической подвижности полиморфных участков ДНК (анализ конформации одноцепочечных фрагментов ДНК, денатурирующий градиентный гель-электрофорез и другие.

4. Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот (генетические микрочипы, флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) и др.).

5. Методы анализа пептидов (ферментное обнаружение мутаций; белковые микробиочипы, анализы на основе флуоресценции резонансного переноса энергии (FRET) и др.).

6. Методы исследования частых мутаций, аллельного полиморфизма: хроматографические (денатурирующая жидкостная хроматография высокого разрешения (DHPLC), поверхностного плазмонового резонанса (SPR); масс-спектрометрии: (MALDI-TOF масс-спектометрия, тандемная масс спектрометрия-ТМС); проточной цитометрии (X-MAP технология) и нанотехнологии (флуоресцентные нанокристаллы – квантовые точки).

Важнейшей задачей лабораторной медицины и ПМ является поиск высокоспецифичных и высокоинформативных наборов лабораторных маркеров различных заболеваний. Маркеры патологий с идеальной специфичностью и чувствительностью редки, так как причина почти всех заболеваний никогда не бывает единственной, а обусловлена рядом неблагоприятных факторов. Поскольку высокотехнологичные методы лабораторной медицины позволяют установить причинно-следственные в цепи: ген – РНК – белок – метаболит, такие комплексы маркеров могут состоять из специфических олигонуклеотидов, белков и метаболитов.

Лаборатория фармакогеномики

Филипенко Максим Леонидович
кандидат биологических наук, г.н.с.

телефон: (383) 363-51-70
Email

Сотрудники

ФИО	Должность	Звание	Телефон	Researcher ID
Афонюшкин Василий Николаевич	вед. инженер	к.б.н.	363-51-71
Белышева Нина Васильевна	лаборант	363-51-71
Боробова Виктория Сергеевна	инженер	363-51-71	ABE-6583-2021
Боярских Ульяна Александровна	н.с.	к.б.н.	363-51-71	AAU-9540-2020
Емельянова Елена Павловна	лаборант	363-51-71
Кель Александр Эдуардович	с.н.с.	к.б.н.	363-51-71	I-7284-2013
Кечин Андрей Андреевич	н.с.	к.б.н.	363-51-71	K-2411-2017
Короленя Валерия Александровна	инженер	363-51-71
Кузнецов Виталий Евгеньевич	инженер	363-51-71
Кунова Мария Сергеевна	инженер	363-51-71
Литвинов Артем Денисович	лаборант	363-51-71
Новикова Лидия Максимовна	инженер	363-51-71
Оскорбин Игорь Петрович	н.с.	к.б.н.	363-51-71	O-3751-2017
Оськина Наталья Александровна	вед. инженер	363-51-71	G-9830-2013
Серых Анастасия Евгеньевна	инженер	363-51-71
Смертина Мария Александровна	инженер	363-51-71
Сметанина Мария Александровна	н.с.	к.б.н.	363-51-71	I-9741-2014
Соколова Ольга Олеговна	инженер	363-51-71
Субботин Сергей Владимирович	вед. инженер	363-51-71
Субботина Кристина Вячеславна	инженер	363-51-71
Филипенко Максим Леонидович	Зав. лабораторией	к.б.н.	363-51-70	AAU-9552-2020
Храпов Евгений Александрович	м.н.с.	363-51-71	AAE-5202-2021
Шамовская Дарья Вадимовна	ст.лаборант	363-51-71	AAE-5189-2021
Ширшова Арина Николаевна	ст. лаборант	363-51-71

Основные направления исследований

- молекулярно-генетическая диагностика наследственных и мультифакториальных заболеваний человека, фармакогенетические исследования - выявление соматических мутаций в опухолях и внеклеточных жидкостях при онкологических заболеваниях человека - молекулярно-генетическое типирование бактерий (Mycobacterium tuberculosis, Salmonella, Lactobacillus и другие).

- рекомбинантные цитокины и антигены для дендритно-клеточной терапии - новые ферменты для модификации и амплификации ДНК

- исследование молекулярных механизмов возникновения заболеваний человека и действия лекарственных препаратов - системная биология и биоинформатика микроорганизмов

Важнейшие научные результаты:

Совместно с ИКИ СО РАМН созданы рекомбинантные плазмиды для экспрессии искусственного белка, содержащего 11 эпитопов опухоль-ассоциированных антигенов для колоректального рака. Трансфекция рекомбинантных плазмид в дендритные клетки человека позволила достичь стимуляции специфических Т-хелперов и цитотоксических Т-лимфоцитов. [Заявка на изобретение № 2012119658, 2012 г.].

Выявлены 6 наиболее частых мутаций генов BRCA1, обуславливающих развитие рака молочной железы у женщин, проживающих в западно-сибирском регионе РФ. Разработана и апробирована система скрининга мутаций BRCA1 (5382 insC, 300 T>G, 3819del5, 3875del4, 185 del AG, 4153 delA, 2800delAA и BRCA2 (6174delT, 9318del4 и 1528del4) с помощью «real-time» ПЦР и последующего анализа кривых плавления с высоким разрешением (HRM). Обнаружено, что носительство аллеля Т (rs1050450) гена GPX1 является протективным в отношении спорадического рака молочной железы. [Ермоленко и др., Генетика, 2010 г.].

Проведено исследование механизмов резистентности клеток немелкоклеточного рака легких (НМРЛ) к действию таргетных противоопухолевых препаратов Nutlin-3, tenovin-6 и RITA, активирующих транскрипционный фактор р53. Определены сигнальные пути, активирующиеся в клетках резистентных к действию этих препаратов и ключевые регуляторные молекулы этих сигнальных путей (преимущественно компоненты Act и NFkB сигнальных путей). Найденные ключевые молекулы могут рассматриваться как потенциальные молекулы-мишени для комплексной противоопухолевой терапии. [Боярских У.А. и др., Молекулярная биология, 2011 г.].

Проведено исследование влияния различных генов и негенетических параметров на вариабельность дозы варфарина среди жителей Западно-Сибирского региона. Показано, что только полиморфные локусы генов VKORC1(-1639 G>A) и CYP2C9 (*3) оказывают статистически значимое влияние на подобранную дозу варфарина в исследованной выборке (22,3% межиндивидуальной вариабельности) [Belozerceva L.A., et al,. EPMA J., 2012 г.].

Создана программа ProcAnnot, позволяющая производить аннотацию SNP, полученных при анализе геномов разных прокариотических организмов. Помимо картирования этих снипов на гены и определения их синонимичности или несинонимичости, новая программа способна осуществлять Gene set enrichment analysis (GSEA), что позволяет определять, какие метаболические пути были преимущественно затронуты данным списком SNP.

Проведено клонирование и экспрессия в клетках E.coli ряда термостабильных ферментов: ДНК лигаза из Pyrococcus abyssi [Закабунин и др., Молекуляр. Биология. 2011 г.]; FEN1 нуклеаза Pyrococcus abyssi, РНКаза HII и эндонуклеаза V из Thermus thermophiles, нативные и гибридные ДНК полимеразы из Geobacillus ssp 777 и Thermococcus celer. Полученные ферменты используются для разработки новых методов анализа ДНК и РНК.

Текущие гранты

Базовые проекты ПФНИ ГАН

ПФНИ ГАН (2013-2020), VI.62.2.2, 0309-2016-0007 «Развитие методов персонализированной медицины» (2017-2020 гг.)

ПФНИ ГАН (2013-2020), VI.55.1.1, 0309-2016-0002 «Биология бактериально-вирусных сообществ» (2017-2020 гг.)

ПФНИ ГАН (2013-2020), VI.62.1.5, 0309-2016-0003 «Синтетическая биология: разработка средств манипуляции генетическим материалом и создание перспективных препаратов для терапии и диагностики» (2017-2020 гг.)

Гранты Российского научного фонда

№ 17-75-20223 мол гр «Исследование механизмов ремоделирования стенки вены при ее варикозном расширении» (2017-2020 гг.)

№ 20-15-00418 «Исследование молекулярных механизмов развития резистентности клеток опухолей с химерными NTRK белками к ингибиторам тирозинкиназ in vitro» (2020-2022 гг.)

Signaling Pathways Potentially Responsible for Foam Cell Formation: Cholesterol Accumulation or Inflammatory Response-What is First? Orekhov A.N., Sukhorukov V.N., Nikiforov N.G., Kubekina M.V., Sobenin I.A., Foxx K.K., Pintus S., Stegmaier P., Stelmashenko D., Kel A.E., Poznyak A.V., Wu W.K., Kasianov A.S., Makeev V.Y., Manabe I., Oishi Y. Int. J. Mol. Sci. 2020 V. 21 N 8 P. 2716

Development of qPCR platform with probes for quantifying prevalent and biomedically relevant human gut microbial taxa. Kurina I., Popenko A., Klimenko N., Koshechkin S., Chuprikova L., Filipenko M.L., Tyakht A., Alexeev D. Mol Cell Probes 2020 V. 52 P. 101570

Привлечение школьников и студентов к исследованиям окружающей среды, актуальным для фундаментальной и прикладной науки: иностранный и российский опыт. Власов В.В., Воронина Е.Н., Галямова М.Р., Седых С.Е. Исследователь 2020 № 2 С. 12-20

A prospective study of prognostic role of plasma circulating tumor DNA (ctDNA) in patients (pts) with early-stage malignancies. Fedyanin M., Boyarskikh U.A., Polyanskaya E., Aliev V., Mamedli Z., Kechin A.A., Oscorbin I.P., Shamovskaya D.V., Popova A., Polyakov A., Kudashkin N., Arzumanyan A., Trigolosov A., Nikulin M., Nered S., Stilidi I., Moroz E., Chekini A., Filipenko M.L., Tjulandin S. J. Clin. Oncol. 2020 V. 38 N 15 P. 3559-3559

Role of Phagocytosis in the Pro-Inflammatory Response in LDL-Induced Foam Cell Formation; a Transcriptome Analysis. Orekhov A.N., Nikiforov N.G., Sukhorukov V.N., Kubekina M.V., Sobenin I.A., Wu W.K., Foxx K.K., Pintus S., Stegmaier P., Stelmashenko D., Kel A.E., Gratchev A.N., Melnichenko A.A., Wetzker R., Summerhill V.I., Manabe I., Oishi Y. Int. J. Mol. Sci. 2020 V. 21 N 3

Expanding TREC and KREC Utility in Primary Immunodeficiency Diseases Diagnosis. Korsunskiy I., Blyuss O., Gordukova M., Davydova N., Zaikin A., Zinovieva N., Z imin S., Molchanov R., Salpagarova A., Eremeeva A., Filipenko M.L., Prodeus A., Korsunskiy A., Hsu P., Munblit D. Front. Immunol. 2020 V. 11 P. 320

К вопросу о роли электронной микроскопии в своевременном выявлении новых инфекций кур и свиней. Рябчикова Е.И., Филипенко М.Л., Афонюшкин В.Н., Хоменко Ю.С. Ветеринария 2020 № 2 С. 27-31

Генетическая предрасположенность в формировании риска тромбоэмболий у онкологических больных. Филипенко М.Л., Сомонова О.В., Елизарова А.Л., Кушлинский Н.Е. Технологии живых систем. 2020 Т. 17 № 1 С. 5-14

Роль родительских и персональных факторов риска в формировании гипертрофии глоточной миндалины у детей раннего и дошкольного возраста. Шабалдина Е.В., Замараев Р.Ю., Ахтямов Д.Р., Деева Н.С., Горшкова С.В., Шабалдин А.В., Филипенко М.Л. Рос. оторинолар. 2020 Т. 19 № 1 (104) С. 63-76

Хромосомная нестабильность и генетический полиморфизм у рабочих угольных шахт и теплоэлектростанций. Минина В.И., Савченко Я.А., Баканова М.Л., Рыжкова А.В., Соколова А.О., Мейер А.В., Толочко Т.А., Воронина Е.Н., Дружинин В.Г., Глушков А.Н. Генетика 2020 Т. 56 № 4 С. 451-462

Варикозная болезнь: на пороге открытия причины? Золотухин И.А., Порембская О.Я., Сметанина М.А., Сажин А.В., Филипенко М.Л., Кириенко А.И. Вестник РАМН 2020 Т. 75 № 1 С. 36-45

Association of antibodies to benzo[a]pyrene, estradiol and progesterone with gene polymorphisms of cytokines in postmenopausal women. Polenok E.G., Gordeeva L.A., Mun S.A., Voronina E.N., Kolpinsky G.I., Lutsenko V.A., Brezhneva E.V., Kostyanko M.V., Vafin I.A., Glushkov A.A. Med. Immun 2020 V. 22 N 1 P. 171-180

Elimination of DNA Multimerization Occurring at Isothermal Amplification with Bst exo- DNA Polymerase. Sakhabutdinova A.R., Mirsaeva L.R., Oscorbin I.P., Filipenko M.L., Garafutdinov R.R. Биоорганическая химия 2020 V. 46 N 1 P. 52-59

Устранение мультимеризации ДНК, возникающей при изотермической амплификации в присутствии ДНК полимеразы BST EXO-Сахабутдинова А.Р., Мирсаева Л.Р., Оскорбин И.П., Филипенко М.Л., Гарафутдинов Р.Р. Биоорганическая химия 2020 Т. 46 № 1 P. 56-64

Ассоциации антител к бензо[а]пирену, эстрадиолу и прогестерону с полиморфными вариантами генов цитокинов у женщин в постменопаузе. Поленок Е.Г., Гордеева Л.А., Мун С.А., Воронина Е.Н., Колпинский Г.И., Луценко В.А., Брежнева Е.В., Костянко М.В., Вафин И.А., Глушков А.А. Медицинская иммунология 2020 Т. 22 № 1 С. 171-180

Molecular characterization of Mycoplasma pneumoniae infections in Moscow from 2015 to 2018. Voronina E.N., Gordukova M., Turina I.E., Mishukova O.V., Dymova M.A., Galeeva E.V., Korsunskiy A., Filipenko M.L. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2020 V. 39 N 2 P. 257-263

BioUML: an integrated environment for systems biology and collaborative analysis of biomedical data. Kolpakov F.A., Akberdin I., Kashapov T., Kiselev L., Kolmykov S., Kondrakhin Y., Kutumova E., Mandrik N., Pintus S., Ryabova A., Sharipov R., Yevshin I., Kel A.E. Nucleic Acids Res. 2019 V. 47 Issue W1 W225-W233

Absence of EGFR C797S Mutation in Tyrosine Kinase Inhibitor-Naïve Non–Small Cell Lung Cancer Tissues. Oscorbin I.P., Shadrina A.S., Kozlov V.V., Voitsitsky V.E., Filipenko M.L. Pathology & Oncology Research 2019 принята к печати-NEW

Гаплотипическое разнообразие домашней овцы (OVIES ARIES) (по материалам археологических памятников ранней бронзы юга Западной Сибири). Дымова М.А., Тишкин А.А., Мишукова О.В., Храпов Е.А., Грушин С.П., Филипенко М.Л. Зоологический журнал 2019 Т. 98 № 7 С. 836–842

Walking pathways with positive feedback loops reveal DNA methylation biomarkers of colorectal cancer. Kel A.E., Boyarskikh U.A., Stegmaier P., Leskov L.S., Sokolov A.V., Yevshin I., Mandrik N., Stelmashenko D., Koschmann J., Kel-Margoulis O., Krull M., Martínez-Cardús5 A., Moran S., Esteller M., Kolpakov F., Filipenko M.L., Wingender E. BMC Bioinformatics 2019 V. 20 Suppl 4 P. 119

Выявление мутации Ser450Leu в гене rpoB Mycobacterium tuberculosis методом аллель-специфичной изотермической петлевой амплификации ДНК. Филипенко М.Л., Оскорбин И.П., Храпов Е.А., Шамовская Д.В., Чередниченко А.Г., Шварц Я.Ш. Вестник РГМУ 2019

TREC and KREC levels as a predictors of lymphocyte subpopulations measured by flow cytometry. Korsunskiy I., Blyuss O., Gordukova M., Davydova N.V., Gordleeva S.Y., Molchanov R., Asmanov A., Peshko D., Zinovieva N., Zimin S., Lazarev V., Salpagarova A., Filipenko M.L., Kozlov I., Prodeus A., Korsunskiy A., Hsu P., Munblit D. Front. Physiol. 2019 V. 9 P. 1877

Mycoplasma hyorhinis reduces sensitivity of human lung carcinoma cells to Nutlin-3 and promotes their malignant phenotype. Boyarskikh U.A., Shadrina A.S., Smetanina M.A., Tsepilov Y.A., Oscorbin I.P., Kozlov V.V., Kel A.E., Filipenko M.L. J Cancer Res Clin Oncol 2018 V. 144 N 7 P. 1289-1300.

Polymorphisms of genes involved in inflammation and blood vessel development influence the risk of varicose veins. Shadrina A.S., Tsepilov Y.A., Smetanina M.A., Voronina E.N., Seliverstov E., Ilyukhin E., Kirienko A., Zolotukhin I.A., Filipenko M.L. Clin Genet. 2018 V. 94 N 2 P. 191-199

Genome-wide association study in ethnic Russians suggests an association of the MHC class III genomic region with the risk of primary varicose veins. Shadrina A.S., Tsepilov Y.A., Sokolova E.A., Smetanina M.A., Voronina E.N., Pakhomov E., Sevostyanova K.S., Shevela A.I., Ilyukhin E., Seliverstov E., Zolotukhin I.A., Filipenko M.L. Gene 2018 V. 659 P. 93-99

Эффекты ранней материнской изоляции на поведение и стрессорную реактивность у взрослых потомков ручных и агрессивных серых крыс. Коношенко М.Ю., Кожемякина Р.В.,Шихевич С.Г., Оськина Н.А., Плюснина И.З. Журнал высшей нервной деятельности им. И.П. Павлова 2018 Т. 67 № 6 С. 814–830 .

Полиморфизм генов CYP1A1 и CYP2D6 в популяциях бурят, телеутов и у русских Восточной Сибири. Табиханова Л.Э., Осипова Л.П., Чуркина Т.В., Воронина Е.Н., Филипенко М.Л. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018 Т. 22 № 2.

Allele-Specific Biased Expression of the CNTN6 Gene in iPS Cell-Derived Neurons from a Patient with Intellectual Disability and 3p26.3 Microduplication Involving the CNTN6 Gene. Gridina M.M., Matveeva N.M., Fishman V.S., Menzorov A.G., Kizilova H.A.,Beregovoy N.A., Kovrigin I.I.,Pristyazhnyuk I.E., Oscorbin I.P., Filipenko M.L., Kashevarova A.A., Skryabin N.A.,Nikitina T.V., Sazhenova E.A., Nazarenko L.P., Lebedev I.N., Serov O.L. Molecular Neurobiology. 2018 принята к печати.

Роль межгенных взаимодействий в формировании хромосомных нарушений у работников угольных теплоэлектростанций. Савченко Я.А., Минина В.И., Баканова М.Л., Рыжкова А.В., Соболева О.А.,Кулемин Ю.Е., Воронина Е.Н., Глушков А.Н., Вафин И.А. Генетика 2018 Т. 54 Выпуск № С. 96-108.

Патенты

КОМБИНАЦИЯ ГЕНОВ, КОНСТИТУТИВНО ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В ЗДОРОВЫХ И ВАРИКОЗНО-ИЗМЕНЕННЫХ ВЕНАХ. Сметанина М.А., Боярских У.А., Севостьянова К.С., Филипенко М.Л. 2018 г. № 2682745.

СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ДОЛИ мтДНК С ДЕЛЕЦИЯМИ В БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦАХ. Сметанина М.А., Ширшова А.Н., Филипенко М.Л. 2018 г. № 2676897

СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ УСТОЙЧИВЫХ К ПИРАЗИНАМИНУ ИЗОЛЯТОВ Mycobacterium tuberculosis. Филипенко М.Л., Дымова М.А., Храпов Е.А., Боярских У.А. 2015 г. № 2552214.

СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ АНТИТЕЛ К БАКТЕРИАЛЬНЫМ АНТИГЕНАМ. Афонюшкин В.Н., Филипенко М.Л., Киревичева Анна Сергеевна, Мишукова О.В., Черепушкина В.С., Ширшова А.Н. 2015 г. № 2563885.

СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ УРОВНЯ ТРАНСКРИПЦИИ ГЕНА, КОДИРУЮЩЕГО ХЕМОКИН CCL2 (МСР-1) ЧЕЛОВЕКА И НАБОР ДЛЯ ЕГО ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ. Филипенко М.Л., Боярских У.А., Храпов Е.А., Силков А.Н., Сенников С.В. 2014 г. № 2522801.

РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pCI-UB-POLYEPI, СОДЕРЖАЩАЯ ЭПИТОПЫ ОПУХОЛЬ-АССОЦИИРОВАННЫХ АНТИГЕНОВ ДЛЯ КОЛОРЕКТАЛЬНОГО РАКА, И СПОСОБ ЕЕ ПРИМЕНЕНИЯ ДЛЯ СТИМУЛЯЦИИ СПЕЦИФИЧЕСКОГО ПРОТИВООПУХОЛЕВОГО ИММУННОГО ОТВЕТА ПРОТИВ КЛЕТОК КОЛОРЕКТАЛЬНОГО РАКА. Сенников С.В., Филипенко М.Л., Курилин В.В., Куликова Е.В., Храпов Е.А., Шевченко Ю.А., Шорохов Р.В., Якушенко В.К., Соколов А.В. 2014 г. № 2507265.

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ МЕТОДИКА ОЦЕНКИ РИСКА ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К ТРОМБОЗУ. «Ноу-хау» (Секрет-производства). Лифшиц Г.И., Кох Н.В., Слепухина А.А., Белеванцева А.В., Филипенко М.Л., Воронина Е.Н. 2014 г.

СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ КЛЕТОК НЕМЕЛКОКЛЕТОЧНОГО РАКА ЛЕГКИХ К ДЕЙСТВИЮ ПРЕПАРАТОВ, РЕАКТИВИРУЮЩИХ БЕЛОК р53. Филипенко М.Л., Боярских У.А., Сметанина М.А., Кель А.Э. 2014 г. № 2509808.

СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ УСТОЙЧИВЫХ К РИФАМПИЦИНУ ИЗОЛЯТОВ Mycobacterium tuberculosis. Филипенко М.Л., Дымова М.А., Боярских У.А., Храпов Е.А., Петренко Т.И., Альховик О.И. 2013 г. № 2485177.

ЭТИДИЙ ЭТИЛСУЛЬФАТ - ФЛУОРЕСЦЕНТНЫЙ КРАСИТЕЛЬ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ. Осадчий С.А., Филипенко М.Л., Боярских У.А. 2011 г. № 2415842.

СПОСОБ СЕКРЕЦИИ ЗЕЛЕНОГО ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО БЕЛКА (GFP) ИЗ РАСТИТЕЛЬНЫХ КЛЕТОК. Филипенко М.Л., Храпов Е.А. 2011 г. № 2415936.

СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ ОРНИТОБАКТЕРИОЗА У СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННОЙ ПТИЦЫ. Филипенко М.Л., Хрипко Ю.И., Афонюшкин В.Н., Дударева Е.В. 2010 г. № 2407801.

РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pBinPLUS-ARS-EPSPS, ОБЕСПЕЧИВАЮЩАЯ ЭКСПРЕССИЮ ГЕНА АГРОБАКТЕРИАЛЬНОЙ 5-ЕНОЛПИРУВИЛ-ШИКИМАТ-3-ФОСФАТ-СИНТЕТАЗЫ В ТРАНСГЕННЫХ МИКРОВОДОРОСЛЯХ РОДА ХЛОРЕЛЛА. Филипенко М.Л., Храпов Е.А., Тронева А.В. 2010 г. № 2407794.

СОСТАВ ДЛЯ ОБРАБОТКИ ПТИЦЕВОДЧЕСКИХ ПОМЕЩЕНИЙ. Афонюшкин В.Н., Филипенко М.Л., Дударева Е.В., Морозов К.В. 2010 г. № 2407545.

СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ МИКРООРГАНИЗМОВ РОДА SALMONELLA. Филипенко М.Л., Хрипко Ю.И., Афонюшкин В.Н., Боярских У.А., Дударева Е.В. 2009 г. № 2360004.

СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ КУР К ВИРУСНЫМ ИНФЕКЦИЯМ. Филипенко М.Л., Хрипко Ю.И., Морозов К.В., Афонюшкин В.Н. 2009 г. № 2352640.

СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ НАСЛЕДСТВЕННОЙ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К ТРОМБОФИЛИИ. Воронина Е.Н., Филипенко М.Л. 2009 г. № 2352641.

РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pBi101-IL18, КОДИРУЮЩАЯ СИНТЕЗ ИНТЕРЛЕЙКИНА-18 ЧЕЛОВЕКА В ТРАНСГЕННЫХ РАСТЕНИЯХ. Турчинович А.А., Дейнеко Е.В., Филипенко М.Л., Шумный В.К., Храпов Е.А., Сенников С.В. 2007 г. № 2302460

СПОСОБ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗНОГО КОМПЛЕКСА. Филипенко М.Л., Норкина О.В., Краснов В.А., Киншт В.Н. 2004 г. № 2237090

От генетики к геномике

Как избежать ловушки ДНК-бизнеса и подружиться со своими генами

Знаете ли вы, что вот уже 12 лет мы живем в постгеномной эре, официально объявленной профессором Фрэнсисом Коллинзом (директор международного проекта «Геном Человека») еще в 2000 году? Я очень хорошо помню этот момент, так как присутствовала на историческом заседании специалистов в Канаде, по окончании которого осталось четкое ощущение: потрясающе, а теперь надо, чтоб об этом узнал весь мир. С тех пор закончили полную расшифровку генома, ввели новые технологии, как грибы стали расти ДНК-компании, предлагающие самые невероятные услуги – от нахождения всевозможных болезней до создания индивидуальных украшений по коду ДНК или компьютерных игр. Однако понимание современной генетики и геномики обществом от этого не улучшилось. Что же означает «жить в постгеномной эре»? Это прежде всего – использование генетических знаний в нашей повседневной жизни, что не просто возможно, но и необходимо. Какова ваша чувствительность к токсинам, еде, психологическому стрессу, физической нагрузке и многим другим факторам нашей повседневной жизни и, главное, как оптимально использовать свой генетический потенциал в каждом конкретном случае – вот лишь небольшой круг вопросов, на которые может дать ответ современная геномика здоровья при условии ее грамотного применения.

В марте этого года впервые прошло заседание международных экспертов Европейской Комиссии в Брюсселе, посвященное развитию персонализированной медицины на основе геномики, в ходе которого были утверждены основные задачи и стратегии в этой области на ближайшие 4 года. Вот уже в течение 10 лет я являюсь экспертом при Европейской Комиссии по вопросам внедрения инноваций в области геномики здоровья. Я наблюдаю за становлением этой новой дисциплины и активно участвую в этом процессе, разрабатывая программы по внедрению достижений геномики в практику, включая образование врачей и индивидуальные протоколы для пациентов. Имея за плечами в общей сложности 20-летний международный опыт в этой области, могу сказать: в настоящее время испорченный телефон по-прежнему работает прекрасно, несмотря на интернет-ресурсы, а может быть, и благодаря им… Принятые в «высших инстанциях» стратегии и критерии современной генетики и геномики как небо и земля отличаются от очень часто искаженных форм их применения в расцветшем «на местах» ДНК-бизнесе. И, к сожалению, такая ситуация совсем не безобидна, если учитывать прирост мирового рынка персонализированной медицины, достигающий 20% в год. В этой статье мне бы хотелось продемонстрировать вам типичные ошибки и ловушки ДНК-бизнеса, на которые стоит обращать внимание, и помочь «подружиться» со своими генами.

В начале было слово…

В кабинет вошла миловидная стройная женщина «без возраста» и смущенно присела на краешек стула. «Мой доктор сказал мне, что я мутант», – произнесла она, протягивая мне листок с генетическими анализами.

Оставалось только вздохнуть, глядя на имя врача, известного французского гуру медицины анти-старения (или долголетия), и обычные результаты генных полиморфизмов, указывающих на генетическое разнообразие и наш индивидуализм, но никак не на мутации… И начать все сначала – с объяснений, рекомендаций, коррекции проведенного тестирования, оказания психологической поддержки. К слову – в последней бы не было никакой необходимости, если бы французский коллега позаботился о более глубоком знакомстве с современной генетикой и геномикой.

Итак, эта симпатичная женщина стала очередной жертвой ДНК-бизнеса – недобросовестных исследований (т. н. коротких панелей), безграмотных советов и, что самое неприятное, неверной (и невероятной) трактовки результатов.

Такие случаи я, к сожалению, наблюдаю регулярно. Так как конкретные ситуации из практики говорят сами за себя, приведу еще несколько жизненных примеров.

В телефонной трубке зазвучал необычно взволнованный голос известного российского врача-диетолога: «Позвольте обратиться к Вам по поводу одной семьи с ребенком – спортсменом олимпийского резерва. Родители провели ему генетическое тестирование в 6 различных центрах. В трактовке результатов сказано: «изменены гены патологических пристрастий».

Использование достижений современной генетики сегодня можно сравнить с атомной энергией — это очень мощная сила.

У родителей нервный срыв. Неясно, чем тут можно помочь. Не могли бы Вы провести экспертизу всех полученных данных?»

Одна крупная компания преподнесла ученому с мировым именем, генетику, развернутые результаты его генома с комментариями к его юбилею. Прочитав отчет, ученый сказал: «Хорошо, что я не знал об этом раньше». К счастью, у него не обнаружилось ни одного упомянутого там заболевания «высокого риска».

«Так что же делать?» – спросите вы. Может быть, вообще отказаться от генетического тестирования с целью профилактики? Этот вопрос, кстати, активно обсуждается различными международными этическими комиссиями. Более того, мировой бюджет расходов на этические проблемы генетики постоянно растет. Уже давно в Америке существует специальность «genetic lawyer» – «адвокат по вопросам генетики».

Использование достижений современной генетики сегодня можно сравнить с атомной энергией — это очень мощная сила, и многое зависит от того, в чьих руках она находится. Несмотря на чудовищные ошибки в этой области и спекуляцию на генетических результатах – по данным NUGO (Nutritional Genome Organisation), менее 9% генетических служб в мире способны выдать относительно персонализированные трактовки генетических анализов, – генетика остается одной из наиболее структурированных новых высокоперспективных областей науки и медицины в мире. Более того, клинические исследования давно показали: использование геномики на практике продлевает активную жизнь как минимум на 14 лет. Поэтому давайте расставим точки над «i».

Расставляем точки над «i»

Я могла бы привести здесь высоконаучные определения основных процессов и дисциплин, но это сделало бы разъяснения еще только более запутанными. Кроме того, частое использование научных терминов не является критерием знания вопроса, в чем мне неоднократно приходилось убеждаться. Поэтому лучше сосредоточиться на ситуации в генетике в целом и ее ключевой роли в персонализированной медицине и медицине долголетия. Что же такое генетика сегодня? Это – колоссальная область, объединяющая массу различных дисциплин. Такая же, как терапия и хирургия. Вряд ли вы доверите пластическому хирургу проведение нейрохирургической операции. Точно так же и в генетике существуют совершенно разные области. Прежде всего можно выделить два основных направления с абсолютно разными критериями. Согласно международной классификации (Pr Cassiman, JJ; EROGENETEST), существуют:

«OLD GENETICS» (CLASSICAL GENETICS) – классическая генетика, о которой вы наверняка слышали, изучающая тяжелые наследственные заболевания (синдром Дауна, муковисцидоз, др.), а также наследственные раки (составляющие всего 4–15% от всех существующих раков). Исторически первично развивалась именно классическая генетика с последующим успешным применением ее достижений в пренатальной диагностике.

Ключевым понятием в классической генетике является «мутация» – любые изменения гена, несовместимые с жизнью или ведущие к тяжелым, РЕДКО встречающимся заболеваниям (!). Частота встречаемости мутаций в популяции не превышает 2% и, как правило, представляет десятые, а то и сотые доли процента. Классическая генетика с ее критериями и системами подсчетов риска, диагностикой и мутациями НЕ ИСПОЛЬЗУЕТСЯ в медицине долголетия, так как не изучает механизмы и процессы, отвечающие за нашу повседневную жизнь и различные генные взаимодействия. Однако очень часто термины и критерии классической генетики ошибочно используются в анти-возрастной медицине, провоцируя ошибочные трактовки результатов и, как следствие, глубокое разочарование пациентов;

«NEW GENETICS» – новая генетика возникла в конце 1990-х годов по мере реализации мирового проекта «Геном человека», успешно завершенного в 2003 году. Эта область изучает ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ, в основе которого лежит полиморфизм, и ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ генов между собой и с внешней средой. Именно новая генетика используется для создания современных персонализированных программ по долголетию и сохранению здоровья. Известные области применения новой генетики: нутригенетика, экогенетика, иммуногенетика и т. д.

Ключевое понятие новой генетики – полиморфизм (poli – много; morphos – форма) – означает: наши гены существуют в различных формах, соответственно их взаимодействия между собой и с внешней средой будут давать различные результаты. Полиморфизм сам по себе не связан с тяжелыми заболеваниями, поэтому его частота встречаемости в популяции высока: 10, 20, 50%. Благодаря этому и существует генетическое разнообразие, на котором держится мир. Таким образом, мы все являемся совокупностью различных полиморфизмов (цвет глаз, кожи, чувствительность к токсинам и т. д.), а также генных взаимодействий с внешней средой и обладаем различными способностями к адаптации, включая ритм жизни, стресс, еду, спорт, курение, старение и т. д. Современные высокоиндивидуальные подходы в медицине долголетия строятся на детальном интегративном анализе различных полиморфизмов и их взаимодействий с образом жизни, отражающим внешнюю среду.

Одна из грубейших, но очень частых ошибок врачей и ДНК-маркетологов, от которой страдают пациенты, заключается в непонимании разницы между полиморфизмом и мутацией. Ошибочное использование слова «мутация» в медицине долголетия наносит колоссальный вред и пациенту, и всей новой генетике в целом, чья задача, как отрасли медицинского знания, прежде всего – сохранить здоровье, избежать заболеваний и активировать процессы, противодействующие старению, а не создавать у пациента стойкое ощущение безысходности.

Ответ на вопрос пациентов, обращающихся за индивидуальными программами омоложения и коррекции здоровья: «Хорошие ли у меня гены?», может быть только один: «Замечательные! И теперь мы «подгоним» ваш образ жизни (а также питание, спорт, привычки) к вашим генам с целью оптимизации их работы». Этот подход получил большое развитие в моем Институте (BARANOVA EU Institute of Personalised Prevention & Health; Monaco) под официальным авторским названием «Haute Couture Prevention» (персонализированный подход «от кутюр»), когда шаг за шагом создается индивидуальная программа оптимизации работы генов с последующей активацией физического и ментального потенциалов пациентов.

Для реализации и создания индивидуальных программ используется ГЕНОМИКА. Если ГЕНЕТИКА – это наука о том, как наши гены чувствительны к внешней среде, то ГЕНОМИКА изучает, как внешняя среда влияет на наши гены. Именно благодаря геномике мы можем изменять работу (активность) наших генов, направляя ее в нужное русло и способствуя омоложению. Например, если вы выпили стакан сока сельдерея, то ваш день не потерян для сопротивления процессам старения – вы очень хорошо повлияли на работу генов-защитников (воздействовали на процессы биотрансформации), что никак нельзя сказать о чашке кофе и далеко не всегда – о зеленом чае.

Гены работают и сопровождают нас постоянно в повседневной жизни – едим ли мы, спим, ругаемся или влюбляемся. Научно этот процесс называется «генной экспрессией». Именно регуляция экспрессии генов лежит в основе профессионально разработанных современных индивидуальных рекомендаций по здоровью и продлению жизни. В связи с этим бессмысленно оценивать просто гены без глубокой индивидуальной оценки образа жизни. Более того, один и тот же ген может работать по-разному у одного и того же человека в детском и взрослом возрасте, а также в случае курения или повышенного потребления сахара или других вредных привычек. Именно «геномные» рекомендации являются высокоэффективными и обладают большим терапевтическим потенциалом, а не банальные фразы, регулярно встречающиеся в интерпретациях и рекомендациях генетического тестирования: «ешьте зеленые овощи, занимайтесь спортом и пейте красное вино», не имеющие ничего общего с персонализированной медициной, долголетием и геномикой. Более углубленные индивидуальные программы, а также динамическое изменение работы генов на уровне всего организма изучаются ЭПИгеномикой (epi – в переводе с греческого означает «над»). Эпигеномика позволяет оценить результаты экспрессии наших генов, влияние этих изменений на весь организм и их возможное наследование.

Другие ловушки Днкбизнеса

Помимо описанных выше ошибок в понимании и использовании современной геномики хотелось бы уберечь вас от других типичных ловушек ДНК-бизнеса, где присутствует очень много спекуляций на генетических данных (в связи с нехваткой специалистов в этой непростой новой области). Интересно, что эти тенденции интернациональны и прослеживаются независимо от стран и континентов.

Выбор генов – это ключевой вопрос для создания успешных рекомендаций: наши гены, как инструменты оркестра, имеют различные партии, и если исключить «первые скрипки», мелодии и общей картины не получится. К сожалению, часто тестируется не то, что нужно, а то, что технически проще, и поэтому интерпретация результатов такого тестирования дает искаженную картину.

Подтасовка данных – очень частый прием ДНК-бизнеса, сопровождающийся словами: «Вот видите, это же опубликовано», и демонстрацией научных статей. Вы также можете видеть в отчетах коротенькие списки литературы со звездочками – чем больше звездочек, тем важнее данные. На самом деле часто это не имеет ничего общего с реальностью и критериями доказательной медицины, согласно которой менее 0,04% всех публикаций могут быть признаны достоверными и еще меньше – использованными на практике. К последим, кстати, относятся критические ревью (critical review), мета-анализ (meta-analysis) и единичные многоцентровые исследования (multi-center studies), но никак не единичные публикации. Если вы хотите заказать программу себе, советую прежде выяснить у специалиста, какие именно исследо
вания по генетике были проведены и результаты опубликованы им лично, а также организацией, которую он представляет? Вы с удивлением обнаружите, что многие из этих «специалистов» вообще никогда не имели никакого отношения к генетике, кроме коммерческого.

«Короткие панели» – хорошо продаваемый продукт в связи с относительной дешевизной. К сожалению, часто совершенно бессмысленный – ведь в случае профессиональных программ долголетия и персонализированного здоровья необходимо оценивать генные взаимодействия, а не отдельно взятые гены. Коварность этого подхода состоит еще и в том, что в связи с неполным выбором генов можно не узнать важную информацию или получить ложные результаты.

Тестирование всего генома – в настоящий момент представляет скорее интеллектуальноэстетическую ценность, но вряд ли поможет вам в повседневной здоровой жизни. Зато вы можете повесить его на стенку как картину – в лучших традициях ДНК-арт (DNA art).

Повторное тестирование – если вы один раз протестировали гены, то вам не нужно тестировать их повторно. Исключение составляют случаи, если вы не уверены в достоверности полученных результатов.

Интерпретации и процент риска – один из наиболее негативных факторов. К сожалению, большинство ДНК-бизнес компаний идут по простому, но далекому от реальности пути – расчет риска мультифакторных заболеваний (гипертония, астма, др.), опираясь только на генетические данные без учета образа жизни и индивидуальных особенностей пациента и базируясь исключительно на научных исследованиях. Поэтому большинство приведенных «рисков» не имеет отношения к конкретному человеку, а отражает выжимки из некоторых научных публикаций (не всегда достоверных). Те же публикации по генам вы можете найти сами в PubMed, введя ключевые слова (название гена). Однако данный метод приносит ощутимый вред, провоцируя психологические травмы, что мне приходилось неоднократно видеть. Типичной является фраза, звучащая как приговор: «Риск шизофрении (рака простаты, астмы, др.) увеличен на 10%». Но что это значит? Да абсолютно ничего. Например, согласно официальной статистке, если вы переходите дорогу в неположенном месте, ваш риск быть сбитым машиной увеличивается в 15 раз или на 1400%. То есть упомянутые в таких отчетах проценты являются совершенно незначительным фактором, более того, эти цифры относятся к популяции в целом (если вам повезет, то вы увидите статью со звездочкой – ссылку на публикацию), а не к вам лично. Далее, речь всегда идет об относительном риске (т. е. заболевание может и не развиться вовсе). Однако любое упоминание риска провоцирует у пациента непонимание и боязнь, скорее всего, он воспримет эту информацию как абсолютный риск, неизбежность.

Если вам удалось успешно избежать всех описанных выше «подводных камней», то поздравляю – благодаря грамотной индивидуальной программе вам откроется новый мир своих собственных возможностей, заложенных в вас природой.

Читайте также: